Foi criado pelo “Lic Arnulfo López Ramos”, formado em comunicação social e ganhou o Concurso de desenho da Bandeira Institucional chamado por nossa Universidade. O escudo da Universidade pode ser apreciado na vanguarda. A águia se destaca por sua força, mostrando superioridade e liderança. Perto dos pés há duas folhas de louro entrelaçadas por uma fita que segura abreviatura da UJAT, termo usado pela comunidade para se referir a esta Universidade. Ele simboliza a nobreza de caráter institucional, e as vitórias de sua missão como educador de sucesso do capital humano. Todos os padrões são impressos em branco, com o objetivo de simbolizar a neutralidade, como parte do exercício fundamental da Universidade e a cor verde institucional aparecem no fundo.